能够结合RNA帽的流感病毒PB2蛋白可溶性片段

摘要

本发明涉及流感病毒RNA依赖性RNA聚合酶亚基PB2的可溶性片段及其变体，及其包含RNA帽(RNA cap)类似物的结晶复合物。本发明还涉及使用所述复合物的结构坐标来筛选和设计与RNA帽结合口袋(RNA cap binding pocket)相互作用之化合物的计算方法。另外，本发明涉及通过使用PB2多肽片段(优选以高通量形式)来鉴定与包含RNA帽结合口袋的PB2多肽片段相结合的化合物的方法，所述化合物优选抑制与RNA帽或其类似物的相互作用。本发明还涉及用于治疗由负链单链RNA病毒引起的病毒感染疾病状况的包含所鉴定化合物的化合物和药物组合物。

主权项

来自SEQ ID NO：1、2或3所示PB2蛋白的可溶性多肽片段，其中(i)N端位于根据SEQ ID NO：1的PB2多肽的220位氨基酸处或者在与其比对的PB2多肽中占据类似位置的氨基酸残基处或更高位氨基酸处，C端位于根据SEQ ID NO：1的PB2多肽的510位氨基酸处或者在与其比对的PB2多肽中占据类似位置的氨基酸残基处或更低位氨基酸处，(ii)N端位于根据SEQ ID NO：2的PB2多肽的222位氨基酸处或者在与其比对的PB2多肽中占据类似位置的氨基酸残基处或更高位氨基酸，C端位于根据SEQ ID NO：2的PB2多肽的511位氨基酸处或者在与其比对的PB2多肽中占据类似位置的氨基酸残基处或更低位氨基酸处，或者(iii)N端位于根据SEQ ID NO：3的PB2多肽的227位氨基酸处或者在与其比对的PB2多肽中占据类似位置的氨基酸残基处或更高位氨基酸，C端位于根据SEQ ID NO：3的PB2多肽的528位氨基酸处或者在与其比对的PB2多肽中占据类似位置的氨基酸残基处或更低位氨基酸处，所述可溶表示在生理等渗条件下，在蛋白质浓度高达5mg/ml时，不含有效浓度变性剂的水性缓冲液中以100000×g离心30分钟后保留在上清液中的多肽片段，其中所述可溶性多肽片段保留与RNA帽或其类似物相结合的能力，且其中所述帽类似物选自m⁷G、m⁷GMP、m⁷GTP、m⁷GpppN、m⁷GpppNm，并包含0至15个其他核苷酸，其中N是选自G、A、U和C的核苷酸，以及所述其他核苷酸独立地选自A、C、G、U和T。