一种快速检测牛PNPLA3基因单核苷酸多态性的方法与应用

摘要

本发明公开了一种快速检测秦川牛PNPLA3基因单核苷酸多态性（SNP）的RFLP方法，以包含PNPLA3基因的待测牛全基因组DNA为模板，以人为设计的引物对P1、P2、P3、P4、P5为引物，PCR扩增牛PNPLA3基因，发现27个SNP位点；从中挑选错义突变位点4个并分别设计引物对P2-BglI、P2-RsaI、P3-BmgT120I和P3-MspI。用这4对引物进行PCR扩增，并用上述四种限制性内切酶分别酶切该PCR扩增产物，再用琼脂糖凝胶电泳检测酶切产物，电泳结果显示秦川牛基因PNPLA3基因第2062位、第2078位、第35800位和第35932位的单核苷酸多态性。由于PNPLA3基因涉及体重、日增重等生长性状，PNPLA3蛋白具有脂肪酶和酰基转移酶的活性而且在维持能量平衡方面也具有重要的作用，本发明所述检测方法可用于黄牛生长性状的标记辅助选择（MAS）育种，有利于快速建立遗传资源优良的黄牛种群。

主权项

一种快速检测中国牛PNPLA3基因SNP的RFLP方法，其特征在于：以包含PNPLA3基因的待测牛基因组DNA为模板，以引物对P1、P2、P3、P4、P5为引物，PCR扩增秦川牛PNPLA3基因产物经测序，共发现27个多态位点；从中挑选错义突变位点4个，并针对这4个SNP位点设计引物对P2‑BglI、P2‑RsaI、P3‑BmgT120I和P3‑MspI，进行PCR扩增，用限制性内切酶引入BglI酶切位点，进行PCR扩增，用限制性内切酶BglI、RsaI、BmgT120I和MspI分别酶切该PCR扩增产物，再用琼脂糖凝胶电泳检测，鉴定秦川牛PNPLA3基因第2062位、第2078位、第35800位和第35932位的单核苷酸多态性。所述的引物对P1为：    上游引物：5'‑CTTCACAAGCCAGACCCT‑3'下游引物：5'‑GCTGTATGATAGCCCCTA‑3’ 所述的引物对P2为：    上游引物：5'‑GACCATTTCTCGTTACCA‑3'    下游引物：5'‑AGGATGAAGACCCCACTG‑3’ 所述的引物对P3为：    上游引物：5'‑GCATGTGGCAGTCCTGAG‑3'    下游引物：5'‑TGTTGCTGTTGGTCCGTC‑3’ 所述的引物对P4为：    上游引物：5'‑ TTTGTCACGAGCGGAATG‑3'    下游引物：5'‑GGAAAGGAGACAGAGCAA‑3’ 所述的引物对P5为：    上游引物：5'‑ATTCCTTCCCTGCTGACT‑3'    下游引物：5'‑AAACCTGAGGGAGCAATG‑3’     所述的引物对P2‑BglI为：    上游引物F1： 5'‑CTCCTGGATGACATTTGGGGGCCGT‑3'下游引物R1： 5'‑TCTGTGCCTGGAGGCTGACATGAAG‑3’  所述的引物对P2‑RsaI为：    上游引物F1： 5'‑CTCCTGGATGACATTTGGGGGCCGT‑3'下游引物R1： 5'‑TCTGTGCCTGGAGGCTGACATGAAG‑3’  所述的引物对P3‑BmgT120I为：    上游引物F2： 5'‑CTCTATCCCTAATCTGAAGCA‑3'下游引物R2： 5'‑ACCTTGACATCTGGTGGG‑3’ 所述的引物对P3‑MspI为：    上游引物F2： 5'‑CTCTATCCCTAATCTGAAGCA‑3'下游引物R2： 5'‑ACCTTGACATCTGGTGGG‑3’。