检测油藏中古菌种群的检测型基因芯片及其用途

摘要

本发明公开了一种检测油藏中古菌群落的检测型基因芯片及其用途。该基因芯片是在载体材料上设置包括鉴定油藏古菌属的探针，还包括由此衍生的探针以及每个探针的互补探针及其延伸探针。特异性探针可以鉴定18个属的油藏古菌；该方法是以待检测样品的基因组DNA为模板，用标记的引物组进行扩增，然后将得到的扩增产物与生物芯片上的探针进行杂交，根据杂交结果确定油藏古菌的种类。本发明将为研究油藏环境古菌群落组成、结构和功能活动等提供一种快速、准确、高通量的工具。同时还可以在基因水平上了解微生物提高采收率的机理，为提高微生物采油技术的现场实施效果提供理论依据和技术支持。

主权项

一种检测油藏中古菌种群的检测型基因芯片，其特征是其制备方法是：(一)设计油藏古菌特异性探针(1)油藏样品采集；(2)油藏古菌16S核糖体RNA序列收集：以通用引物，对古菌16S核糖体RNA片段进行扩增，并测序；(3)古菌特异性探针：依据上述测序结果，设计油藏古菌属特异性探针，芯片上的条码序列探针序列结构通式为：NH2‑TTTTTTTTTTTTTTT‑条码序列，即探针的5′端氨基修饰，氨基旁边连接poly‑T15；(二)制备基因芯片：使用点样仪将探针以设定的顺序固定到醛基化修饰的玻片上，基因芯片是由针对18个古菌属的83条探针、点样的阳性质控QC、点样的阴性质控BC、杂交的阴性质控NC和杂交的阳性质控PC组成的阵列；QC是一端带有Hex标记，另一端氨基修饰的寡核苷酸探针，用于观察芯片点样和固定的效率，其序列为NH2‑TTTTTTTTTTTTTTTAGAGTGCTTGGTGCCATAAC‑HEX；BC为50％的二甲亚砜DMSO，用于质控点样过程中有无样品残留污染；NC是一段氨基修饰的寡核苷酸探针，与杂交液中的所有待检测序列不会杂交，用于观察有无非特异杂交，其序列为NH2‑TTTTTTTTTTTTTTTGCAACCACCACCGGAGG；PC是一段氨基修饰的寡核苷酸探针，可以与杂交液中添加的荧光标记的互补序列杂交，用于杂交过程的质控，其序列为NH2‑TTTTTTTTTTTTTTTGGTATCGCGACCGCATCCCAATCT。