ESTRATEGIAS MEJORADAS PARA LA SECUENCIACION DE GENOMAS COMPLEJOS UTILIZANDO TECNOLOGIAS DE SECUENCIACION DE ALTO RENDIMIENTO.

摘要

Procedimiento para determinar una secuencia genómica que comprende las etapas de: (a) proporcionar un primer subconjunto del genoma mediante la digestión del genoma con por lo menos una primera endonucleasa de restricción para proporcionar fragmentos de restricción; (b) realizar la ligación de por lo menos un adaptador con los fragmentos de restricción del primer subconjunto para proporcionar un primer conjunto de fragmentos de restricción ligados al adaptador; (c) amplificar selectivamente el primer conjunto de fragmentos de restricción ligados al adaptador utilizando una primera combinación de cebador en la que por lo menos un primer cebador contiene una sección complementaria al adaptador y a una parte de la secuencia de reconocimiento de la endonucleasa de restricción y que contiene además una primera secuencia seleccionada en el extremo 3'' de la secuencia del cebador, comprendiendo la primera secuencia seleccionada entre 0 y 10 nucleótidos selectivos, para proporcionar un primer subconjunto de fragmentos de restricción amplificados ligados al adaptador; (d) repetir la etapa (c) con por lo menos un segundo y/o una o más combinaciones adicionales del cebador en las que el cebador contiene una distinta secuencia seleccionada segunda y/o adicionales en su extremo 3'' que contiene el mismo número de nucleótidos selectivos, para proporcionar unos subconjuntos segundo y/o adicionales de fragmentos de restricción amplificados ligados al adaptador; (e) fragmentar cada uno de los subconjuntos primero, segundo y/o adicionales de fragmentos de restricción amplificados ligados al adaptador para generar unas genotecas de secuenciación primera, segunda y/o adicionales; (f) determinar por lo menos una parte de las secuencias de nucleótidos de por lo menos una parte de los fragmentos contenidos en cada una de las genotecas primera, segunda y/o adicionales; (g) alinear la secuencia de los fragmentos en cada una de las genotecas primera, segunda y/o adicionales para generar cóntigos de los fragmentos de restricción amplificados ligados al adaptador obtenidos que representan fracciones dispersas del genoma; (h) repetir las etapas (a)-(g) para por lo menos unas endonucleasas de restricción segunda y/o adicionales; (i) alinear los cóntigos obtenidos en las etapas (g) y (h) para cada una de las endonucleasas de restricción segunda y/o adicionales para proporcionar una secuencia del genoma.