用于在有向非循环结构中使用双端数据的系统和方法

摘要

本申请涉及一种分析转录组的方法，该方法包括从来自生物体的转录组获得至少一对双端读数，找出在该对的第一读数和有向非循环数据结构(该数据结构具有表示RNA序列诸如外显子或转录本的节点和连接多对节点的边缘)中的节点之间的具有最佳评分的比对，识别包含节点的候选路径，该节点通过具有与该对双端读数的插入长度大体上类似的长度的路径连接到下游节点，并且将双端读数与候选路径比对以确定最佳评分比对。

主权项

一种分析转录组的方法，所述方法包括：从转录组获得一对双端读数；找出在所述对的第一读数和有向非循环数据结构中的节点之间的具有最佳评分的比对，所述数据结构包括表示RNA序列的节点和连接多对所述节点的边缘；识别包含所述节点的候选路径，所述节点通过具有与所述一对双端读数的插入长度大体上类似的长度的路径连接到下游节点；以及将所述双端读数与所述候选路径比对以确定最佳评分比对。