一种逆转录miR-505的茎环引物的设计方法

摘要

本发明涉及一种逆转录miR-505的茎环引物的设计方法，包括：以miRNA-505-3P基因为特异性的转录本，分别将该逆转录茎环引物的茎部碱基对的数量和环部的碱基个数规律的设计对应的几个梯度，经过对miRNA-505-3P的逆转录和real time-PCR检测，最终筛选出一个对于miRNA-505-3P基因特异性逆转录时效率最佳的逆转录茎环引物。本发明避免了对成熟体检测的干扰，通过茎环引物在茎部和环部的梯度性的调整，可以分别明确的看出环部碱基的结构和茎部碱基的结构分别对逆转录茎环引物的逆转录效率的影响，因此更容易设计出合理高效的逆转录引物。

主权项

一种逆转录miR‑505的茎环引物的设计方法，包括：(1)设计3个梯度在固定茎部为14对碱基互补配对时的特异性逆转录miRNA‑505‑3P基因的茎环引物；(2)设计4个梯度在固定环部为21对碱基互补配对时的特异性逆转录miRNA‑505‑3P基因的茎环引物；(3)设计real time‑PCR的扩增引物；其中，上游引物5′‑GCGAGCACCGTCAACACTTG‑3′，下游引物5′‑TGCAGGGTCTGACTTATT‑3′；(4)采用(1)和(2)中的茎环引物将mir‑505‑3P基因逆转录为CDNA；(5)固定逆转录茎环引物的茎部结构为14个碱基对，3个梯度的环部结构所逆转录出的CDNA进行real time‑PCR的检测；PCR产物进行电泳检测；(6)固定逆转录茎环引物的环部结构为21个碱基对，4个梯度的茎部结构所逆转录出的CDNA进行real time‑PCR的检测；PCR产物进行电泳检测；(7)比对(5)、(6)结果，进行real time‑PCR的二次检测，确定逆转效率最佳的茎环引物。