诊断新生物的方法-Ⅱ

摘要

本发明总体上涉及核酸分子，所述核酸分子的DNA或RNA或蛋白质表达谱的改变代表发生新生物、发生新生物的倾向性和/或新生物的进展。更具体地，本发明涉及核酸分子，所述核酸分子的DNA或RNA或蛋白质表达谱的改变代表大肠新生物(例如腺瘤或腺癌)的发生和/或进展。本发明的DNA或表达谱的用途包括但不限于结直肠新生物(例如结直肠腺癌)的诊断和/或监测。因此，本发明的另一方面涉及通过筛查一或多种核酸分子标记物的DNA或RNA或蛋白质表达谱的调变而筛查个体发生新生物、发生新生物的倾向性和/或新生物的进展的方法。

主权项

筛查个体发生大肠新生物或发生大肠新生物的倾向性或监测新生物的进展的方法，所述方法包括评估来自所述个体的生物学样品中的一或多种基因或转录物的表达水平，所述一或多种基因或转录物选自：(i)由以下Affymetrix探针组ID检测到的基因或转录物：200600_at      210133_at      227235_at200621_at      210139_s_at    227265_at200795_at      210298_x_at    227404_s_at200799_at      210299_s_at    227529_s_at200845_s_at    210302_s_at    227561_at200859_x_at    210495_x_at    227623_at200897_s_at    210517_s_at    227662_at200974_at      210764_s_at    227705_at200986_at      210809_s_at    227727_at201041_s_at    210946_at      227826_s_at201058_s_at    210982_s_at    227827_at201061_s_at    211161_s_at    228202_at201069_at      211548_s_at    228504_at201105_at      211596_s_at    228507_at201137_s_at    211643_x_at    228640_at201141_at      211644_x_at    228706_s_at201150_s_at    211645_x_at    228707_at201289_at      211671_s_at    228750_at201300_s_at    211696_x_at    228766_at201324_at      211719_x_at    228846_at201348_at      211798_x_at    228854_at201426_s_at    211813_x_at    228885_at201427_s_at    211848_s_at    229530_at201438_at      211889_x_at    229839_at201496_x_at    211896_s_at    230087_at201497_x_at    211959_at      230264_s_at201539_s_at    211964_at      230788_at201540_at      211985_s_at    230830_at201616_s_at    211990_at      231120_x_at201617_x_at    211991_s_at    231579_s_at201645_at      212077_at      231773_at201667_at      212091_s_at    234764_x_at201739_at      212097_at      234987_at201743_at      212136_at      236300_at201744_s_at    212158_at      236313_at201842_s_at    212185_x_at    242317_at201852_x_at    212192_at      200884_at201858_s_at    212195_at      201495_x_at201859_at      212230_at      202266_at201865_x_at    212233_at      202350_s_at201893_x_at    212265_at      202731_at201920_at      212288_at      202741_at201957_at      212386_at      202742_s_at202007_at      212387_at      202768_at202037_s_at    212397_at      202838_at202069_s_at    212414_s_at    203058_s_at202133_at      212419_at      203060_s_at202222_s_at    212464_s_at    203240_at202242_at      212667_at      203296_s_at202274_at      212671_s_at    203343_at202283_at      212713_at      203474_at202291_s_at    212730_at      203638_s_at202388_at      212764_at      203963_at202555_s_at    212859_x_at    204018_x_at202620_s_at    212956_at      204034_at202686_s_at    213068_at      204036_at202746_at      213071_at      204130_at202760_s_at    213428_s_at    204388_s_at202766_s_at    213509_x_at    204389_at202888_s_at    213624_at      204508_s_at202920_at      213746_s_at    204532_x_at202953_at      213891_s_at    204607_at202957_at      214027_x_at    204673_at202992_at      214038_at      204818_at202994_s_at    214091_s_at    204895_x_at202995_s_at    214142_at      204897_at203000_at      214414_x_at    205112_at203001_s_at    214505_s_at    205259_at203066_at      214677_x_at    205403_at203131_at      214696_at      205480_s_at203305_at      214752_x_at    205554_s_at203382_s_at    214768_x_at    205593_s_at203477_at      214777_at      205892_s_at203645_s_at    215049_x_at    205929_at203680_at      215076_s_at    206000_at203729_at      215118_s_at    206094_x_at203748_x_at    215176_x_at    206262_at203766_s_at    215193_x_at    206377_at203881_s_at    215382_x_at    206385_s_at203908_at      215388_s_at    206664_at203913_s_at    215657_at      207126_x_at203914_x_at    216207_x_at    207245_at203951_at      216401_x_at    207390_s_at203980_at      216442_x_at    207392_x_at204069_at      216474_x_at    207432_at204083_s_at    216576_x_at    207761_s_at204122_at      216834_at      208596_s_at204135_at      216984_x_at    208920_at204326_x_at    217148_x_at    209114_at204438_at      217179_x_at    209374_s_at204457_s_at    217235_x_at    209458_x_at204570_at      217258_x_at    209791_at204688_at      217378_x_at    210107_at204697_s_at    217480_x_at    210524_x_at204719_at      217546_at      210735_s_at204745_x_at    217757_at      211372_s_at204834_at      217762_s_at    211538_s_at204894_s_at    217764_s_at    211549_s_at204931_at      217767_at      211637_x_at204938_s_at    217897_at      211699_x_at204939_s_at    217967_s_at    211745_x_at204940_at      218087_s_at    212224_at204955_at      218162_at      212592_at205097_at      218224_at      212741_at205200_at      218312_s_at    212814_at205267_at      218353_at      213317_at205382_s_at    218418_s_at    213451_x_at205412_at      218468_s_at    213629_x_at205433_at      218469_at      213921_at205464_at      218559_s_at    213953_at205547_s_at    218756_s_at    214164_x_at205683_x_at    219014_at      214433_s_at205935_at      219087_at      214598_at205950_s_at    219508_at      214916_x_at206134_at      219607_s_at    215125_s_at206143_at      219669_at      215299_x_at206149_at      219799_s_at    215867_x_at206198_s_at    220026_at      216336_x_at206199_at      220037_s_at    216491_x_at206208_at      220376_at      216510_x_at206209_s_at    220834_at      217022_s_at206422_at      221541_at      217109_at206461_x_at    221667_s_at    217110_s_at206561_s_at    221747_at      217165_x_at206576_s_at    221748_s_at    217232_x_at206637_at      222043_at      217414_x_at206641_at      222162_svat    218541_s_at206710_s_at    222453_at      218546_at206784_at      222513_s_at    219059_s_at207003_at      222717_at      219543_at207080_s_at    222722_at      219796_s_at207134_x_at    223121_s_at    219948_x_at207266_x_at    223122_s_at    220075_s_at207502_at      223235_s_at    220266_s_at207961_x_at    223343_at      220468_at207977_s_at    223395_at      220645_at207980_s_at    223551_at      220812_s_at208131_s_at    223623_at      221004_s_at208370_s_at    223952_x_at    221305_s_at208383_s_at    224009_x_at    221584_s_at208399_s_at    224352_s_at    221841_s_at208450_at      224412_s_at    221896_s_at208581_x_at    224480_s_at    223484_at208747_s_at    224560_at      223597_at208763_s_at    224663_s_at    223754_at208788_at      224694_at      224342_x_at208789_at      224823_at      224989_at208791_at      224836_at      224990_at208792_s_at    224840_at      225458_at208894_at      224959_at      225728_at209047_at      224963_at      226147_s_at209074_s_at    224964_s_at    226302_at209101_at      225207_at      226594_at209116_x_at    225242_s_at    226654_at209138_x_at    225269_s_at    226811_at209147_s_at    225275_at      227052_at209156_s_at    225353_s_at    227522_at209167_at      225381_at      227682_at209170_s_at    225442_at      227725_at209191_at      225575_at      227735_s_at209209_s_at    225602_at      227736_at209210_s_at    225604_s_at    228133_s_at209283_at      225626_at      228195_at209301_at      225688_s_at    228232_s_at209312_x_at    225710_at    228241_at209335_at      225720_at    228469_at209357_at      225721_at    228961_at209373_at      225782_at    229070_at209436_at      225894_at    229254_at209457_at      225895_at    229659_s_at209496_at      226001_at    229831_at209498_at      226051_at    230595_at209612_s_at    226084_at    231925_at209613_s_at    226103_at    231975_s_at209621_s_at    226303_at    233565_s_at209651_at      226304_at    235146_at209656_s_at    226333_at    235766_x_at209667_at      226430_at    235849_at209668_x_at    226492_at    238143_at209687_at      226682_at    238750_at209735_at      226694_at    238751_at209763_at      226818_at    239272_at209868_s_at    226834_at    241994_at209948_at      226841_at    242447_at210084_x_at    227006_at    242601_at227099_s_at    227061_at    243278_at；和/或(ii)CLCA4    SGK          MT1XZG16         CFL2         AOC3CA2          C1S          PPAP2ACA1          SELENBP1     ZSCAN18MS4A12       MT1E         IVDAQP8         ADAMTS1      SFRP1SLC4A4       ITM2A        COL4A2CEACAM7      POU2AF1      GPM6BTAGLN        FAM55D       EPB41L3GUCA1B       C6orf204     MAOAGCG          AKAP12       DMDADH1B        TUBB6        MSRB3UGT2B17    LGALS2        PLOD2ADAMDEC1   KIAA0828      C9orf19MT1M       MGC14376      MIER3AKR1B10    PPP1R14A      XDHFN1        MUC4          CLDN23MGP        PKIB          SGCECXCL12     PIGR          FOXF2PDK4       ASPN          AGR3CA4        A2M           IGLJ3PYY        LOC25845      QKIIGHA1      LGALS1        LOC399959TPM2       BCHE          ANKRD25C6orf105   ST6GALNAC1    CRISPLD2HPGD       GJA1          ANK2ADH1C      SCNN1B        LOC283666CLCA1      FABP4         CRYABFABP1      F13A1         ACAT1ENAM       CD36          IGL@CFD        SPARCL1       PBLDGUCA2B     ZCWPW2        CCL8FBLN1      TNC           LIFRLOC63928   MT1A          HLA‑DRB1ABCA8      LOC652745     UGP2POSTN      MALL          IGKV1D‑13DCN        GNG2          AP1S2ITLN1      DNASE1L3      EMP3COL6A2     EGR1          MMP28FCGBP      CMBL          UGT2A3SLC26A2    GCNT3         RGS5PGM5       SERPING1      PTGISDMN        MEIS1         DUSP5GPNMB      EDN3          MFAP4IGFBP5     MSN           UGT1A6CLEC3B     MT1G          PRKAR2BLOC253012    TPSAB1      HHLA2DPT          GPX3        LOC652128PCK1         CDKN2B      C3CNN1         FOSB        ATP2B4HSD17B2      HSPA1A      HBA1PLAC8        CYBRD1      TCF21TMEM47       PTGER4      PPIDOGN          MAG1        PPAP2BCALD1        BEST2       SPON1ACTG2        HLA‑DQA1    PHLDB2MGC4172      PRIMA1      RARRES2MAB21L2      MT1F        ETHE1RPL24        MAFB        MMP2ABCG2        FAM107A     SRICCDC80       PRKACB      CNTN3UGT1A1       SELM        RGS2MRC1         TYROBP      COL6A1HSD11B2      TNS1        FBN1ANPEP        MYH11       MXD1MATN2        ITM2C       PLCE1PRNP         CES2        KCNMB1ABI3BP       MS4A4A      CALM1HLA‑C        PDGFRA      HLA‑DPB1NDE1         CA12        SMOC2SRPX         FKBP5       LOC285382WWTR1        HSPB8       CLIC5HMGCS2       TPSB2       APOELOC646627    FGL2        SERPINF1KRT20        C1QB        PPP1R12BKLF4         ANGPTL1     HSPB6FHL1         MEP1A       FNBP1ARL14        GUCY1A3     C4orf34LUM          UGDH        SORBS2SORBS1       DUSP1       GPA33METTL7A    C2orf40    GALNAC4S‑6STFAM129A    PLN        CFHR1SCARA5     UGT2B15    MGC13057SI         PDLIM3     C10orf56ACTA2      TP53INP2   SULT1A1CD177      ATP8B1     TTRAPC10orf99   ANK3       CCL28COL15A1    CTGF       IDH3ANR3C2      MUCDHL     EDG2DHRS9      SDPR       UGT1A8LMOD1      COL14A1    RAB27AEFEMP1     DSCR1      ANTXR1GREM1      CITED2     EMP1IL1R2      MT1H       CSRP1LOC387763  NEXN       PLEKHC1TIMP3      MUC2       LOC572558MYLK       NID1       FOXP2CLDN8      HBB        HSPA2RDX        GCNT2      ATP1A2TSPAN7     C20orf118  TNXBTNFRSF17   SLC20A1    FUCA1SYNPO2     CD14       MRGPRFVIM        KCTD12     HIGD1ASMPDL3A    RBMS1      MFSD4P2RY14     PTRF       AXLCHGA       TSPAN1     AQP1C15orf48   UGT1A9     MAP1BCOL3A1     COX7A1     PALLDCYR61      MUC12      MPEG1TRPM6      PDCD4      KLHL5OSTbeta    CAV1       TCEAL7IGLV1‑44   FAM46C     FILIP1LVSIG2      LRIG1      IQGAP2IGHM       HLA‑DPA1   PRDX6LRRC19    C1orf115    RAB31CD163     HBA2        LOC96610CEACAM1   EDIL3       FGFR2TIMP2     DES         PAPSS2ENTPD5    MT2A        XLKD1DDR2      KCNMA1      SMTNCHRDL1    GAS1        C8orf4SRGN      TBC1D9      SDCBP2PDE9A     C7          CCL11PMP22     P2RY1       ELOVL5FLNA      NR3C1       FOXF1STMN2     STOM        RELL1MYL9      CKB         PNMA1SEMA6D    CLU         LOC339562PADI2     SLC26A3     PALM2‑AKAP2SEPP1     SDC2        PAG1TGFB1I1   SST         HCLS1SFRP2     HLA‑DRA     RGS1UGT1A3    TSC22D3     FXYD6MS4A7     IL6ST       OLFML3ALDH1A1   C1QC        COL6A3其中相对于对照水平而言组(i)和/或组(ii)的基因或转录物的较低表达水平代表新生性大肠细胞或倾向于发生新生状态的细胞。