检测稀有突变和拷贝数变异的系统和方法

摘要

本发明提供了用于检测无细胞多核苷酸中的稀有突变和拷贝数变异的系统和方法。通常，该系统和方法包括样品制备或从体液中提取和分离无细胞多核苷酸序列；随后通过本领域已知的技术对无细胞多核苷酸进行测序；以及应用生物信息学工具与参考相比检测稀有突变和拷贝数变异。该系统和方法还可包含不同疾病的不同稀有突变或拷贝数变异谱的数据库或集合，其将作为附加参考用于帮助疾病的稀有突变的检测、拷贝数变异谱分析或普通遗传谱分析。

主权项

一种用于检测拷贝数变异的方法，所述方法包括：a.对来自受试者的身体样品的细胞外多核苷酸进行测序，其中所述细胞外多核苷酸中的每一个产生多个测序阅读值；b.过滤掉未能满足所设定的阈值的阅读值；c.在过滤掉阅读值后，将由步骤(a)获得的所述序列阅读值定位至参考序列；d.对在所述参考序列的两个或更多个预定义区域中定位的阅读值进行定量或计数；以及e.通过下列步骤确定在一个或多个所述预定义区域中的拷贝数变异：i.将所述预定义区域中的阅读值的数目相对于彼此进行归一化，和/或将所述预定义区域中的独特序列阅读值的数目相对于彼此进行归一化；ii.将从步骤(i)中获得的归一化的数目与从对照样品获得的归一化的数目进行比较。