一种新的3个人类抗肌萎缩蛋白基因STR位点及其分型方法

摘要

本发明公开了一种新的3个人类抗肌萎缩蛋白(DMD)基因STR基因位点及其分型方法，其特征在于，该3个DMD基因STR位点分别位于DMD基因的第60、30及2内含子区，分别为DXSDMD-in60，DXSDMD-in30，DXSDMD-in2；该3个基因STR位点位点片段大小适中，均适宜PCR扩增。本发明从NCBI选出DMD基因15个候选新的STR序列，采用基因分型，DNA测序分析和定义，研究DMD基因STR的遗传结构在健康群体中的等位基因频率分布，获得了西安汉族健康群体中的DNA分型结果，经统计学处理证明，这3个STR位点在研究群体中多态性信息含量均＞0.60，可用于群体遗传学及法医学实践，为杜氏肌营养不良疾病的基因诊断及分子机制研究提供了理论基础。

主权项

一种新的3个人类抗肌萎缩蛋白(DMD)基因STR等位基因分型方法，其特征在于，该方法包括以下步骤：1)选择STR遗传标记：调取NCBI数据库DMD基因序列进行DMD基因STR位点全基因扫描，按照入选标准挑选短串联重复序列；并比较软件RepeatMask的搜索结果，证实标准筛选出的STR位点序列未位于Alu家族或其它的重复序列内；2)该DMD基因3个STR位点的引物序列为：DMD‑in60上游引物：CGAGGGGATCAGGGTAATA；下游引物：CTGTTCTCTTCTCTGGTCATCA；DMD‑in30上游引物：GTTAGTCCCTATTCTATTCCTTTC；下游引物：AAGAATGCCACCAAAATGAC；DMD‑in2上游引物TAGATTAGATAGGTAGGTAGGTAGG；下游引物：CTTGCCAGTTTTTTTCAGTG；3)采用12ul反应体系PCR扩增：对15个候选STR位点采用Primer5.0自行设计引物，PCR扩增采用12μl反应体系，含50～200ng基因组DNA，2×PCR缓冲液，15mmol/L MgCL2，5umol/L引物，0.5U Tag酶；其扩增参数为：DMD‑in60位点95°℃变性30s，58.4℃退火40s，72℃延伸35s，循环32次；DMD‑in30位点95°℃变性35s，56.6℃退火30s，72℃延伸30s，循环32次；DMD‑in2位点95°℃变性30s，62℃退火30s，72℃延伸30s，循环32次；4)扩增产物使用变性聚丙烯酰胺凝胶电泳分离，采用银染显色方法，然后用DNA直接测序法证实其序列及多态性；最终结合等位基因分型标准物进行标准化分型并建立等位基因克隆产物文库。