一种检测西瓜cDNA样品中是否有基因组DNA污染的方法

摘要

本发明属于基因表达分析技术领域，是一种西瓜基因表达分析时，检测cDNA样品中是否存在基因组DNA污染的方法。本发明的原理是根据基因的结构和序列信息，在相邻的两个外显子上分别设计正向和反向引物，使之在基因组DNA模板上扩增产物大于在cDNA模板上的扩增产物。据此原理设计了西瓜中广泛存在的分子伴侣DnaJ蛋白基因DNAJ的特异性引物，以样品cDNA为模板，利用该引物对进行PCR扩增，如出现大于87bp的扩增产物，则表明该cDNA样品存在基因组DNA污染，如仅出现87bp的扩增产物，则表明该cDNA样品不存在基因组DNA的污染。使用本发明所提供的方法，可以进一步提高利用实时荧光定量PCR等技术进行西瓜基因表达分析的准确性。

主权项

一种检测西瓜cDNA样品中是否有基因组DNA污染的方法，其特征在于：1)根据西瓜基因的结构和序列信息在相邻两个外显子上分别设计正向和反向引物；2)提取西瓜的RNA，反转录成cDNA，之后以cDNA为模板，用步骤1)设计的引物进行PCR扩增，并采用琼脂糖凝胶电泳方法检测扩增产物，如果扩增产物中出现一条长于目标产物的片段，则表明cDNA样品中有基因组DNA的污染，如仅扩增出目标片段，则表明cDNA样品中无基因组DNA的污染。